数理基础科学与数学与应用数学在学科定位、研究方向和应用领域上存在明显差异。前者更注重理论探索，后者则侧重实际问题的解决。
总体而言，数理基础科学是数学的根基，而数学与应用数学则是其在现实中的延伸与应用。两者相辅相成，共同推动数学的发展。
