公司代扣代缴个人所得税时，会计处理主要包括两个环节：一是从员工工资中扣除税款，二是将税款上缴税务机关。具体会计分录如下：
以上分录适用于企业按月代扣代缴员工个税的情况。实际操作中，需根据当地税务规定调整科目设置。
