总结：
在《名侦探柯南》中，怪盗基德一直对工藤新一（柯南）保持高度关注。虽然他从未直接说出“柯南就是新一”，但通过多次互动和推理，他逐渐意识到这一点。基德的知情时间点并未明确说明，但根据剧情发展，他很可能在“黑衣组织”相关事件后逐步确认。
综上，基德大概率在后期剧情中确认柯南的真实身份，但具体时间未明确交代。
