茅以升学院是北京交通大学为培养拔尖创新人才而设立的特色学院，与普通学院在培养目标、课程设置、师资力量等方面存在明显差异。
| 对比项目 | 茅以升学院 | 普通学院 |
| 培养目标 | 侧重科研与创新能力 | 注重基础理论与实践结合 |
| 选拔方式 | 高考成绩+综合测试 | 仅凭高考成绩 |
| 课程设置 | 强化科研训练与跨学科学习 | 常规专业课程为主 |
| 师资配置 | 由院士、教授等高水平教师指导 | 一般由讲师、副教授授课 |
| 就业方向 | 多进入科研机构或深造 | 就业面广，注重实践能力 |
总体来看，茅以升学院更强调学术深度与研究能力，适合有志于科研的学生；而普通学院则更注重全面发展的应用型人才培养。
