哈尔滨工程大学是教育部直属的“211工程”重点高校，但在全国“211”高校中的排名并非官方统一公布。根据近年来的综合评估和第三方榜单，哈尔滨工程大学在全国“211”高校中排名约在第50至60位之间，具体排名因评价标准不同而有所差异。
以下为部分权威榜单中的参考排名（截至2024年）：
| 排名 | 高校名称 | 评价来源 |
| 48 | 哈尔滨工程大学 | 软科中国大学排名 |
| 52 | 哈尔滨工程大学 | 武书连高校排名 |
| 57 | 哈尔滨工程大学 | 网大高校排名 |
总体来看，哈尔滨工程大学在工科领域具有较强实力，尤其在船舶与海洋工程、自动化等专业方面表现突出。
